体のこと、あれこれ

pdb 다운로드

2020年2月8日

다음은 자유롭게 다운로드하여 사용할 수 있는 좌표, 포스필드 및 토폴로지 파일입니다. 좌표 파일은 .pdb 형식으로 되어 있으며 대부분의 분자 그래픽 프로그램으로 시각화할 수 있습니다. 포스 필드 및 토폴로지 파일은 아마도 분자 역학 프로그램의 Gromacs 세트와 함께 유용할 수 있습니다. 이러한 파일의 대부분은 게시 된 작품에서 온, 하지만 당신은 당신의 자신의 작품에서 그들 중 일부를 사용 하려는 경우, 두 번 하 고 트리플 확인. 나는 그들이 오류가 없다는 것을 보장하지 않습니다, 그들은 불길에 파열 컴퓨터와 실험실을 태워 원인이되는 경우, 나를 비난하지 않습니다. 당신이 어떤 오류를 발견하면, 알려 주시기 바랍니다. 이러한 구조를 기반으로 작업을 게시하는 경우 해당 참조(숫자는 내 발행물 목록의 숫자를 참조)를 인용하십시오. 파일을 다운로드하면 파일을 사용하여 무엇을 할 계획인지 듣고 싶습니다. 그게 전부입니다:) PDB에는 또한 “증착”이라는 섹션이 있으며, 구조 예금 옵션이 내장되어 있습니다.

여기서 는 거대 분자 데이터 (폴리 펩티드, 폴리 뉴클레오티드 및 다당류의 전자 현미경 / x 선 / NMR 데이터)를 업로드 할 수 있습니다. 업로드된 파일은 게시자 정책에 따라 유효성을 검사하고 릴리스됩니다. “도구” 옵션에서 PDB ID를 입력하여 PDB, mmCIF, PDBXL/XML 형식, 구조 인자, NMR 구속조건 및 생물학적 어셈블리 중 어느 하나에서든 단백질 거대분자의 직접 다운로드가 가능합니다. 도구 옵션에는 쌍순서열 또는 구조 정렬을 계산하는 “RCBS PDB 단백질 비교 도구”와 웹 개발자를 위한 “RCBS PDB 위젯”도 있습니다. * 참고 : 압축되지 않은 단일 FASTA 파일은 구조 요약 페이지에서 다운로드 할 수 있습니다. 또한 RCSB PDB는 ftp 사이트에서 데이터를 자동으로 다운로드하는 데 도움이 되는 몇 가지 예제 스크립트를 제공합니다. 웹 사이트는 저자, 거대 분자, 서열 및 리간드에 의해 제한 될 수있는 다양한 검색 옵션을 기반으로 3-D 단백질 구조를 쉽게 검색 할 수 있습니다. 모든 범주의 검색 옵션은 분자 이름, 구조 영역 및 온톨로지 용어에 따라 정보를 제공합니다. 선택된 필수 파일에는 3-D 구조 및 인용을 결정하는 데 사용되는 PDB 식별 번호 및 방출 날짜, 저자 이름, 단백질 분류 및 계측기와 함께 있는 거대분자 이름이 있습니다.

선택 / 검색 된 거대 분자는 다운로드 (다운로드 PDB 파일), 볼 수 (PDB 파일보기) 및 3D 파일로 볼 수 있습니다 (Jmol와 3-D에서보기). 데이터베이스에서 생성 된 파일 형식은 처음에 메쉬 랩, Jmol, QuteMol, ACD / ChemSketch 프리웨어 및 키메라, MDL Chime, Pymol, 스위스-PDB 뷰어 등과 같은 라이센스 소프트웨어와 같은 오픈 소스 컴퓨터 프로그램 중 하나를 사용하여 볼 수있는 PDB 형식으로 처음이었다. 2000년 말, PDB는 PDB 교환 사전과 PDB 아카이브 데이터 파일을 PDBML이라는 XML 형식으로 출시했습니다. [3] PDB 항목 페이지에서 사용할 수 있는 여러 가지 다운로드 옵션 및 파일 형식이 있습니다(그림 35). 그림 35 빨간색 상자는 PDB 항목의 첫 페이지에서 사용할 수 있는 모든 데이터 다운로드 옵션을 강조 표시됩니다.

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